Весной 1944 года из части эстонских полицейских батальонов начинается создание полицейских полков для последующего использования на фронте. 1-й эстонский полицейский полк был сформирован из 291-го, 292-го, 286-го и 288-го полицейских батальонов, в его состав также был влит 658-й эстонский ост-батальон. Полк использовался в качестве резервной части в боевых действиях на Восточном фронте и был расформирован в сентябре 1944 года. 2-й полицейский полк был сформирован усилиями штаба 1-го полка. В его состав вошли 37-й, 38-й, 40-й полицейские батальоны и рота орудий ПАК. В июле 1944 года полк занимал позиции у Даугавпилса. Часть была расформирована в августе того же года.

Помимо полицейских частей и подразделений, была создана местная самозащита «Омакайтсе», по немецким документам значившаяся как «Selbschutz» (самооборона). Организация была создана по примеру «Кайтселиита» и распространяла свою власть на всю территорию Эстонии. В состав самообороны вошли бывшие «лесные братья», бывшие военнослужащие эстонской армии, учащаяся молодежь. Набор личного состава сопровождался антисоветской и антирусской агитацией и призывами покончить с большевизмом, который якобы имеет целью полное выселение эстонцев в Сибирь.

Территориальное строение «Омакайтсе» повторяло структуру «Кайтселиита». Члены самообороны на хуторах, в деревнях, городах образовывали батальоны (в уездах и городах), роты (в масштабе волости) и взводы. Во главе городской или уездной организации находился уездный начальник «Омакайтсе», который подчинялся с одной стороны немецкому комиссару, с другой. командующему «Омакайтсе» майору Мере (затем полковник Яан Майде). Последний был подчинен немецкому генерал-комиссару Эстонии Лицману.

Личный состав был вооружен легким стрелковым оружием. Оружие постоянно находилось при военнослужащих, которые периодически собирались на военные сборы. Кроме того, члены «Омакайтсе» несли дежурство в волостях, уездных центрах и в наблюдательных пунктах ПВО, а также за движением на дорогах.

На крупных промышленных предприятиях была создана «Защита труда» («Тээкайтсе»), члены которой несли охрану самих заводов и заключенных, работавших на них. «Защитники труда» были освобождены от своей непосредственной работы на производстве, находились на казарменном положении, получали заработную плату и квартиры за счет предприятия.

«Наскодукайтсе» («Женская защита дома») являлась женской секцией «Омакайтсе», в ее функции входили хозяйственные работы, организация питания на маневрах и сборах, оказание санитарной помощи раненым и их семьям.

В связи с планами немецкого командования по использованию людских резервов Эстонии, распоряжением директора внутренних дел эстонского самоуправления Ангелуса от 20 октября 1943 года все мужское население Эстонии от 19 до 46 лет проходило медицинский осмотр в комиссиях «Омакайтсе». Пригодные к несению службы зачислялись в организацию и проходили курс военной подготовки без отрыва от работы. По данным разведотдела Эстонского штаба партизанского движения, общая численность членов «Омакайтсе» составляла от 90 до 95 тысяч человек, включая женщин (не более 20 тысяч).

В ноябре 1941 года из членов «Омакайтсе» в Таллине был сформирован 1-й эстонский вахт-батальон. 28 ноября он был переименован в 29-й шумафронтбатальон. Он включал в себя три стрелковых и штабную роты. Личный состав батальона был представлен либо совсем юными членами организации либо очень пожилыми. Вооружение подразделения было собрано по принципу «с бору. по сосенке» и представляло собой пеструю смесь русского, французского и чешского стрелкового оружия. Формирование именно этого подразделения положило начало формированию национальных частей в Таллине (Ревеле).

Личный состав вооруженных отрядов «Омакайтсе» был облачен в униформу эстонской армии и носил белую нарукавную повязку с надписью «На службе немецкой армии».

В январе 1944 года из членов «Омакайтсе» было начато формирование полка (Зельбстшутц регимент) «Ревель». В его состав вошли 4 батальона «Омакайтсе» из уроженцев областей Вильянди и Пярну. Последний (3-й) батальон полка был сформирован лишь к сентябрю 1944 года. Полк не имел на вооружении артиллерии и тяжелого оружия, но, несмотря на это, был переброшен на фронт, где понес большие потери.

В июне того же года в Таллине был сформирован полк «Таллин». Позднее он был передан в подчинение 285-й охранной дивизии, затем переброшен на линию фронта в район немецкой армейской группировки «Нарва».

В сентябре 1944 года были созданы зельбстшутц-полки «Феллин», «Пернау», «Киви». Все они принимали участие в боевых действиях на Восточном фронте и были расформированы лишь 16 января 1945 года.

В феврале 1944 года началось формирование эстонских пограничных полков («Греншутц регимент») путем объединения некоторых эстонских батальонов. Было создано 6 полков, которые активно использовались на Восточном фронте. Каждый из полков включал в себя три стрелковых батальона, артиллерийскую батарею и насчитывал до 3 тысяч человек. 1-й пограничный полк формировался из уроженцев Таллина, Раквере, Риизепере и Вазалемаа (всего 2800 человек).

Первоначально полк был дислоцирован в Печорах (Петсери). Впоследствии он был придан 207-й охранной дивизии и участвовал в боях за прибрежную зону озера Пейпус, где впоследствии нес охрану береговой линии. В мае 1944 года полк был придан 28-му Армейскому корпусу и вел боевые действия против советских частей в районе Вору. Плескау.

В июне того же года полк вошел в подчинение штабу специального назначения ЦБФ-300 и занял оборонительную линию на позициях у реки Обтоки. В августе полк ценой больших потерь сумел остановить наступление советских войск.

После отвода с линии фронта был расформирован.

2– й пограничный полк также был придан 207-й охранной дивизии и задействован на охране прибрежной зоны озера Пейпус. В марте полк был переброшен на линию фронта и придан 58-й немецкой пехотной дивизии. Здесь в августе полк отразил многократные атаки советских частей, после чего был переброшен на северный участок побережья оз.

Пейпус и позднее придан боевой группе 227-й немецкой пехотной дивизии, заняв позиции у р. Нарвы. Здесь полк был подчинен штабу ЦБФ-300. Осенью полк был фактически уничтожен в районе р. Эмайоги. Части личного состава полка удалось прорваться и выйти в расположение немецких войск, другая часть солдат и офицеров полка остались в лесах до окончания военных действий.

Аналогичная судьба была у 3-го, 4-го, 5-го и 6-го пограничных полков. Эстонский штаб специального назначения ЦБФ-300 16-й немецкой армии руководил боевыми действиями эстонских частей в Курляндском котле вплоть до капитуляции в апреле 1945 года.

С первых дней оккупации Эстонии началось формирование полка охраны побережья или «Раннакайтсе» под патронажем немецкого ВМФ. Командиром формирования был полковник Саарсен, офицер эстонской армии и сотрудник Абвера. Два батальона возглавляли эстонские офицеры майоры Мулларт и Коргмаа. Весной 1942 года перед руководством полка возникла дилемма: влиться в состав СС или быть расформированными. В результате полковник Саарсен распустил личный состав.

В апреле 1944 года началось формирование вспомогательных военно-инженерных, саперных и строительных эстонских подразделений. 10 тысяч уроженцев Эстонии 1904. 1918 гг. рождения были сведены в эстонские инженерные батальоны, служившие резервом для охранных полков. 1-й, 2-й, 3-й, 4-й, 5-й строительно-саперные батальоны были созданы для нужд группы армий «Север». Под контролем Вермахта был сформирован 42-й саперный батальон. В декабре 1944 года большинство эстонских вспомогательных батальонов было расформировано, а 5-й батальон включен в состав Штеттинского гарнизона.